פיזיותרפיה אינה רפואה משלימה
ההבדל העיקרי בין פיזיותרפיה לרפואה אלטרנטיבית טמון בגישה המדעית והמבוססת מחקר של הפיזיותרפיה, לעומת הפילוסופיות השונות והפחות מדעיות של הרפואה האלטרנטיבית. פיזיותרפיה היא תחום מדויק המבוסס על מחקרים מדעיים המבוצעים על קבוצות מדגמיות בחתכי אוכלוסייה וגיל מדויקים, ומאושרת על ידי משרד הבריאות. לעומתה, רפואה אלטרנטיבית כוללת ענפים רבים כמו שיאצו, דיקור, טווינה ורפלקסולוגיה, המבוססים על פילוסופיות כמו הרמוניה עם הסביבה וזרימת אנרגיה (צ'י ומרידיאנים), ושאינם תמיד מתאימים לליקויים פיזיים ספציפיים ואף עלולים להזיק. רופאים מקצועיים יעדיפו לרוב פיזיותרפיה לפני התערבויות פולשניות כמו זריקות קורטיזון או ניתוח, בשל יכולתה לספק מענה מהיר ומדויק לבעיות כמו כאבי גב, נקעים, פריקות כתף, סחרחורות ורטיגו, כאבי צוואר וברכיים, בניגוד לטיפולים אלטרנטיביים שעלולים לעכב את ההחלמה.